采用滴灌系统施肥的缺陷是有可能堵塞滴头。肥料是可溶的，不可溶的肥会迅速堵塞滴头。肥料原料之间化学反应还会产生沉淀，时间一长，沉淀物会堵塞滴灌系统。施肥均匀度取决于灌溉均匀度，如果滴灌系统均匀度高，则施肥均匀度也高，由此滴灌均匀度是一个非常重要的指标，应当千方百计提高滴灌均匀度：精细设计，灌溉系统采用压力补偿滴头，在管路的适当方位加装调压器等。
一、化肥的溶解性
利用滴灌系统施肥，要认真研究肥料的溶解性。不溶，溶解度低或在某种条件下易反应，形成沉淀的肥料避免选用。
大部分固态化肥包衣。为了避免包衣对滴灌系统产生堵塞，要选取少量样品放入溶解罐中搅拌，然后观察包衣的溶解情况。如果溶解后包衣物质沉淀到罐底，在施用时，让注肥器吸取上层溶液，不要搅动肥料溶液整体。尿素，硝酸，硝酸钙，硝酸钾溶解时要吸收水中的热量，水的温度大幅降低。此时，溶解量可能达不到要求量。为了充分溶解，让溶液放几个小时，随着温度上升，其余未溶解部分会逐渐溶解，然后就可注入系统了。
注入之前，先做观测试验，以便评估堵塞滴头可能性。有些肥料要溶入肥料1～2小时，才能看出是否有沉淀形成，沉淀量多少。如果溶入水中数小时，溶液仍呈浑沌状，则有可能堵塞滴灌系统。如果几种肥料同时施，应在注入系统之前去取样，以实际比例同时放入观察罐中观察混合后的溶解情况，然后决定是否同时注入。
二、滴灌系统施氮
氮肥是利用滴灌系统施用多的肥料。氮肥一般水溶性好，非常容易随着灌溉水滴入土壤而施入到作物根区。但如果控制不当，也很容易产生淋洗损失。由于滴灌流量小(单滴头：4～8升/小时)，控制淋洗损头非常容易做到。如果灌溉，施肥均实施自动控制，则淋洗损头可完全避免。
在所有氮肥中，尿素及硝酸胺适合于滴灌施肥。因为施用这两种肥料的堵塞风险小，氨水一般不推荐滴灌施肥，因为氨水会增加水的pH值。pH值的增加会导致钙、镁、磷在灌溉水中沉淀，堵塞滴头。硫酸胺及硝酸钙是水溶性的，但也有堵塞风险。
如果连续施氮，灌溉系统停泵后，灌溉系统中水中仍长期会有氮，这时，氮的存在会滋养微生物在系统中生长，然后堵塞滴头。
三、滴灌施磷
磷在土壤中不象氮那样活跃。一般磷的挥发损失，淋洗损失没有氮多。大部分作物生长早期需要磷。所以应在栽种之前或栽种时施用磷肥。在生产阶段如发现缺磷迹象，在灌溉水中注入磷肥，还可补充磷的不足。
注入磷肥可能会堵塞滴灌系统。由于水与磷肥的反应，水中往往会产生固体沉淀，从而引起堵塞。大部分固态磷肥由于溶解度低而不能注入灌溉系统中如：磷氨。一磷酸氨，二磷酸氨，三磷酸钾、磷酸、磷酸盐等磷肥是可溶解的。
聚磷氨含钙高，注入灌溉水中常常可引起沉淀，有可能会引起堵塞。形成的沉淀物非常难溶解，当磷、钙离子在溶液中机遇时会形成二价或三价的磷酸钙，这种盐的溶解度很低。同样，磷和镁会形成不溶于水的磷酸镁，易堵塞滴灌系统。
有时要在滴灌系统中注入磷酸。除了是为作物施磷外，还可降低灌溉水的pH值，降低pH值可以避免沉淀物产生。降低pH值可以避免沉淀物产生。降低pH值的方法还有混合加入适当硫酸、磷酸，pH值可降低到小于4.0。但是如果长时间注入磷酸会导致作物缺锌。一般只有在水中钙和镁的组合浓度低于50毫克/升及碳酸氢盐浓度低于150毫克/升时才注入。
